克洛斯贝尔自治州。这个被埃雷波尼亚帝国和卡尔瓦德共和国夹在中间，以大陆上数一数二的贸易和金融都市为地位发展起来的区域，因某个狂热宗教团体引起的事件经历了一次危机。黑帮集团之间的对抗，谜之药物"真知"（Gnosis）事件，这一系列的事件因"特务支援科"的活跃而得以平安化解，自治州再次迎来和平。在将与教团和黑帮有牵连的帝国派和共和国派议员一扫而空后，迎来新市长的克洛斯贝尔似乎前途一片光明。但是，这对于即将迎来激荡时代的塞姆利亚大陆来说，只不过是片刻的休息罢了。这是为"在同样的时代生存下去"的故事，以此送给想要"跨越壁障"的所有的人……

《英雄传说：碧之轨迹》的上手容易度得到了提升，而跳过动画的功能也得到了充分开发。由于可以跳过发动魔法以及一齐攻击的动画，以及准备了充满爽快感的超爆裂系统，所以游戏过程会更加流畅。